报告题目：基于单线态氧的邻近标记及化学蛋白质组学研究

报告人：李刚研究员

报告时间：2023年03月22日14:30 北京时间

报告地点：北校区N8122

腾讯会议：390-990-211 密码：8393

报告人简介：

  李刚博士，深圳湾实验室系统与物理生物学研究所特聘研究员。2010~2015年就读于北京大学获得博士学位；2016-2020年于芝加哥大学进行博士后研究，2020年11月加入深圳湾实验室系统与物理生物学研究所任特聘研究员，成立化学蛋白质组学课题组，担任Molecules杂志客座编辑，专辑主题为“chemical proteomics research”，担任中国蛋白质组学青年促进会轮值主席。入职两年以来，获得国自然青年基金、广东省区域联合基金、深圳湾实验室开放基金支持，以通讯作者发表论文在Nat. Commun., ACS Omega等, 以第一作者身份在Nat. Commun.，PNAS，Angew. Chem. Int. Ed., Chem. Sci.等期刊上发表论文十余篇。

报告内容简介：

蛋白质相互作用网络是细胞过程的基础。基于活化酯以及酚氧自由基的蛋白酶邻近标记技术BioID和APEX已经被广泛应用于细胞器蛋白质组分析和蛋白互作鉴定。然而，活化酯的反应活性低会导致标记半径大；而酚氧自由基的产生需要双氧水处理，导致细胞毒性或者干扰氧化还原过程。为了寻找反应活性更高，标记半径更小的新方法，我们发展了基于光催化产生单线态氧的邻近标记方法PDPL。我们将光敏蛋白miniSOG插入到感兴趣的蛋白上，在蓝光照射的条件下，产生单线态氧修饰氨基酸侧链，进而被氧化的氨基酸侧链与化学探针反应实现标记。通过光照条件的触发以及光照时间的不同，实现时间和空间分辨率。开放式搜库结果表明单线态氧与化学探针的接力修饰特异性发生在组氨酸上，并且我们实现了高特异性鉴定线粒体、细胞核、内质网蛋白质组。与TurboID的比较表明，PDPL方法特异性更高并且具有更深入的蛋白质组覆盖度。进一步，我们将此方法应用于鉴定疾病相关蛋白和E3连接酶Parkin，我们发现了新的BRD4结合蛋白并证明了其与HDAC复合体的关联性，同时我们结合蛋白质组鉴定与过表达筛选，鉴定了新的Parkin底物蛋白Ssu72和SNW1，并且证明了底物蛋白的降解过程由泛素化-蛋白酶体介导。

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联系方式：李刚   研究员    深圳湾实验室

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2023年03月20日